SNOMED CT

SNOMED CT (Systematized Nomenclature of Medicine: Clinical Terms) on suurim infosüsteemides ja andmevahetuses kasutatav kodeeritud meditsiiniterminoloogia. Selle rahvusvahelist väljaannet haldab SNOMED International ning eestikeelset laiendit Tervise ja Heaolu Infosüsteemide Keskus.

SNOMED CT koosneb rohkem kui 350 000 mõistest, mis on omavahel ontoloogiliselt seostatud. SNOMED CT sisu on tõlgitud mitmetesse eri keeltesse. Nii rahvusvaheline väljaanne kui ka riiklikud laiendid (sh Eesti) on kõigile vabalt kasutatavad SNOMED CT lehitseja abil.

SNOMED CT kasutamiseks infosüsteemis on tarvis litsentsi, mis on Eesti ja teiste liikmesriikide kasutajatele tasuta. Litsentsi saamiseks tuleb esitada taotlus, mille kinnitab TEHIKu töötaja. Litsentsihalduskeskkonna kaudu on registreeritud kasutajal ligipääs SNOMED CT masinloetavatele failidele, kusjuures kättesaadavad on nii Eesti laiend, rahvusvaheline väljaanne kui ka teiste riikide laiendid.

Ülesehitus

SNOMED CT on keeruka ülesehitusega terminoloogia. Infosüsteemides kasutamiseks luuakse tihti loendeid, mis põhinevad SNOMED CT-l, ning sel juhul on loendis kasutusel tihti vaid kood ja sellele vastav nimetus. Tavakasutaja jaoks jääb täpsem ülesehitus sel põhjusel tihti märkamata, kuid SNOMED CT mõistmine on äärmiselt tarvilik neile, kes haldavad SNOMED CT terminoloogiat (sh tõlkeid) või planeerivad SNOMED CT võimaluste laiemat kasutamist kasutajaliideses, otsusetoes või analüütikas.

Alljärgnevalt on kirjeldatud SNOMED CT ülesehituse põhikomponendid (mõiste, kirjeldus, seos) ning nendevahelised koostalitluse põhimõtted. Lühidalt on selgitatud iga komponendi peamisi omadusi ja rolli SNOMED CT terminoloogias.

SNOMED CT loogiline mudel (allikas)

Mõiste

SNOMED CT kui terminoloogia keskmes on mõiste (concept) ehk kliiniline idee. Igale mõistele on omistatud unikaalne tähenduseta numbriline kood. Iga mõistega on seotud ka piiramatu hulk keelelisi kirjeldusi, sest üht mõistet ehk kliinilist ideed võib väljendada mitmel eri moel ja eri keeltes.

Mõisted on omavahel seotud läbi keerukate seoste. Mõisted on vanem-laps seoste abil paigutatud hierarhiatesse, kuid ühel mõistel võib olla mitu ülemmõistet, nii et tekib polühierarhia ehk võrkstruktuur. Mööda hierarhiat allapoole liikudes, muutuvad mõisted järjest detailsemaks. See võimaldab vastavalt kasutuskontekstile kasutada kas üldisemaid või detailsemaid mõisteid.

Kirjeldus

Kirjeldus (description) on mõiste ja seda mõistet tähistava inimmõistetava termini (term) vaheline ühendus, millele on omistatud SNOMED CT kood. Kirjelduse juurde kuulub ka info termini tõstutundlikkuse kohta.

Igal mõistel võib olla piiramatu arv kirjeldusi, kusjuures kirjelduste tüüpe on kolm:

täistähenduslikud nimetused (fully specified name ehk FSN);
sünonüümid (synonyms);
definitsioonid (definitions).

Igal mõistel on täistähenduslik nimetus ehk FSN, mis on unikaalne ja annab kõige täpsemalt edasi mõiste sisu. See on kirjelduse eriliik, mille funktsiooniks on olla mõiste ankurpunkt.

Täistähendusliku nimetuse juurde kuulub ka semantiline märgend, mis tuuakse sulgudes: nt Congenital viral disease (disorder), Tympanotomy (procedure).
Semantiline märgend võib mõnikord olla ainus, mis kahe mõiste termineid eristab, näiteks võrdleme mõisteid:

385494008 |Hematoma (disorder)| on kliiniline diagnoos;
35566002 |Hematoma (morphologic abnormality)| on patoloogiline muutus koe tasandil.

Täistähenduslikud nimetused on mõeldud mõistete ühemõtteliseks kontekstisõltumatuks eristamiseks, mistõttu võivad nad olla vahel kohmakad või pikad. Seetõttu kasutatakse infosüsteemides dokumenteerimiseks pigem sünonüüme.

Sünonüümide hulgas peab olema iga keele kohta üks eelistermin (ingl preferred term), mis on ideaaljuhul kõige korrektsem ja laiemalt kasutatav termin antud mõiste jaoks. Lisaks võib mõistel olla kui tahes palju aktsepteeritavaid sünonüüme (ingl acceptable synonym), sh lühendeid. Ebakorrektsed või ambivalentse tähendusega mugandused ei ole lubatud.

Mõistetele on võimalik lisada ka eri keeltes tekstilisi definitsioone, kuid nende kasutamine ei ole kohustuslik ning neid ei ole SNOMED CT-s palju.

SNOMED CT ühe mõistega seotud kirjeldused

Seosed

Seos (relationship) ühendab kahte SNOMED CT mõistet, mille tähendused on omavahel mingil moel seotud. Seosed jagunevad kahte suurde rühma:

|is a| seos, mis seostab mõistet tema ülemmõistega. Igal mõistel peab olema vähemalt üks selline seos, kuid ühel mõistel võib olla ka mitu ülemmõistet. Näiteks mõistel |Kaasasündinud viiruslik kopsupõletik| on kolm ülemmõistet (vt skeem allpool).
Atribuutseos, mis seostab kaht mõistet, lisades seosele omapoolse tähenduse. Näiteks kopsupõletikku tähistaval mõistel läbi atribuudi |Paige| seos mõistega |Kops|.

Järgneval skeemil on toodud mõiste 276692000 |Congenital viral pneumonia (disorder)| täielik ontoloogiline kirjeldus. Sellel mõistel on kolm ülemmõistet ning viis atribuutseost teiste mõistetega. Ka iga seos ise on SNOMED CT mõiste, millele on omistatud SNOMED CT kood.

Ühe mõiste ontoloogiline kirjeldus läbi tema seoste (SNOMED CT lehitseja: Diagram)

Reeglistik, mille alusel on võimalik mõisteid omavahel seostada, on toodud SNOMED CT masinloetavas mõistemudelis ning neid reegleid on võimalik vaadelda ka MRCM lehitsejas. Vastavatel reeglitel põhinevat SNOMED CT päringukeelt (ingl expression constraint language) on võimalik kasutada näiteks keerukamate päringute tegemisel, andmete loogilisel valideerimisel ning andmeanalüüsis.

Mõistemudelil põhineb ka SNOMED CT postkoordinatsioon ehk liitmõistete moodustamine. Iga SNOMED CT-s defineeritud mõiste on omaette prekoordineeritud väljend (ingl precoordinated expression). Samas teatud juhtudel võib meile vajaliku täpsusastmega mõiste SNOMED CT-s puududa ja sel juhul on meil võimalik postkoordinatsiooni abil tekitada uus, täpsustatud väljend (ingl postcoordinated expression).

Viiteloendid ja vastendused

Viiteloend (ingl reference set või refset) on SNOMED CT standardformaadis loend, mis koosneb viidetest SNOMED CT komponentidele (mõistetele, kirjeldustele või seostele). Viiteloendeid kasutatakse nii infosüsteemis kasutatavate loendite kirjeldamiseks, keele eelisterminite ja sünonüümide eristamiseks (language refset) kui ka näiteks loendite või koodisüsteemide vaheliste vastenduste tegemiseks. Viiteloenditest saab pikemalt lugeda juhendist Reference Sets Practical Guide.

SNOMED CT avaldab ametlikke vastendusi mitme erineva koodisüsteemi vastu. Näiteks on iga diagnoosi tähistava mõiste puhul võimalik lehitsejast näha, millisele RHK-10 koodile see vastab. Kuna SNOMED CT on oluliselt suurema granulaarsusega, ei ole tegemist 1:1 vastendustega, vaid ühele RHK-koodile vastab enamasti mitu SNOMED CT koodi. Lisaks on SNOMED CT-l ametlikud ja pidevalt uuenevad vastendused järgmiste koodisüsteemidega: RHK-O, Orphanet, MedDRA, EDQM, LOINC, RHK-11 (MMS) jt.

Vastendused on kättesaadavad eri allikates ja formaatides. Peamised vastendused on avaldatud MLDSis RF2 failidena ning nähtavad ka SNOMED CT avalikus lehitsejas. Alljärgneval pildil on näiteks näha mõistet 74400008 |Apenditsiit|. Avades lehitsejast saki “Refsets” näeme nii seda, et mõiste kuulub Eesti patomorfoloogilise lõppdiagnoosi klassifikaatorisse (Tervise infosüsteemi loend), kui ka seda, et mõistel on vastendused kolmes eri koodisüsteemis: sh RHK-10s, kus talle vastab kood K37.

SNOMED CT lehitseja (sakk Refsets)

Eesti laiend

SNOMED CT Eesti laiendit haldab TEHIK. Esimene Eesti laiend avaldati 2019. aasta novembris ning pärast seda on seda avaldatud kaks korda aastas - 30. novembril ja 30. mail.

Eesti laiend sisaldab:

eestikeelsed tõlked rahvusvahelistele mõistetele;
Eesti laiendis loodud kohalikud mõisted;
tervise infosüsteemis kasutatavatel loenditel põhinevad viiteloendid.

Eesti laiend avaldatakse SNOMED CT lehitsejas ning litsentsihalduskeskkonnas RF2 formaadis masinloetavate laiendifailidena. SNOMED CT päringuid on võimalik teha ka TEHIKu terminoloogiaserveris, kuid SNOMED CT-d täies mahus alla laadida ei ole sealtkaudu võimalik.

SNOMED CT kasutamine on Eestis tasuta, infosüsteemides või teadustöös SNOMED CT kasutamine tuleb registreerida litsentsihalduskeskkonnas.

Eesti laiend on pidevalt edasiarenev toode ning konstruktiivne kriitika, tagasiside ja kaastöö on oodatud.